Vor rund tausend Jahren übte ein slawischer Gauhäuptling seine Herrschaft von der Inselburg im Großen Eutiner See aus. Im 12. Jahrhundert kamen dann deutsche Siedler ins Land; etwa zwölf Bauernfamilien holländischer Herkunft ließen sich auf dem von Sumpf und Seen geschützten Moränenhügel nieder, der heute noch das Zentrum Eutins darstellt, und übernahmen für ihr Dorf den slawischen Namen Utin. Weitere Bedeutung gewann der Ort, als Bischof Gerold 300 Hufen, also Bauernstellen, als "Tafelgut" zur wirtschaftlichen Sicherung der christlichen Kirche zugewiesen wurden, deren Hauptteil in und um Utin lag. Daraus ergab sich, dass der Bischof sein Haus hier bauen ließ und Utin 1156 zum Marktort ernannt wurde.

Ein neuer geschichtlicher Markstein ist hundert Jahre später zu setzen, als es dem Bischof von Lübeck, Johann von Diest, nach zähen Verhandlungen mit den holsteinischen Grafen gelang, Utin im Jahre 1257 das Stadtrecht und damit eine bürgerliche Selbstverwaltung zu verleihen. Noch heute zeigt das Stadtwappen, dass Eutin einst eine bischöfliche Stadt war: In den vier von einem gleicharmigen Bischofskreuz gebildeten Feldern ist der Name U-T-I-N eingefügt. Die Enden des Kreuzes zeigen Rosen und Lilien, mittelalterliche Symbole für Gerechtigkeit und Reinheit. Als es um 1300 zu einem Streit zwischen dem Bischof von Lübeck und dem Rat der Hansestadt kam, ging der Bischof nach Utin ins Exil und gründete hier ein Kollegiatstift. Damit wurde die zentrale Ackerbürger- und Handwerkerstadt zugleich Sitz des Bischofs von Lübeck, der bemüht war, das Ansehen des Ortes zu heben, und der seinen hiesigen Wohnsitz als eine Wasserburg ausbaute, Vorläuferin des heutigen Schlosses.

Durch die Reformation wurde aus dem geistlichen Territorium ein weltliches Fürstentum, von Fürstbischöfen aus dem Hause Holstein-Gottorf regiert. Not und Leid blieben der Stadt, die sich nunmehr Eutin nannte, in den kriegerischen Jahren der Frühen Neuzeit, insbesondere im Dreißigjährigen Krieg, nicht erspart. Auch Feuersbrünste vernichteten ganze Stadtteile. Aber immer wieder zeigte die Stadt einen unerschütterlichen Lebenswillen, gestützt durch die Aufbauleistungen und das Ansehen des fürstbischöflichen Hofes, der zugleich bedeutende Persönlichkeiten der Kunst und Wissenschaften an sich zog.

Eine weitere Wende in der Geschichte Eutins trat ein, als 1773 ein großer Ländertausch zwischen Dänemark, Russland und Holstein-Gottorf erfolgte, um die "Ruhe des europäischen Nordens" zu sichern. Der Eutiner Fürstbischof wurde Herzog von Oldenburg und um 1800 verlegte Peter Friedrich-Ludwig seine hiesige Residenz dorthin. Eutin war jetzt nur noch herzogliche Sommerresidenz, blieb aber Regierungssitz des einst fürstbischöflichen Gebietes, das sich nach 1803 "Fürstentum Lübeck" nannte.

Mitverursacht durch die Wirren der napoleonischen Kriege wohnten im Ausgang des 18. Jahrhunderts namhafte Größen des deutschen Geisteslebens im friedlichen Eutin, wo schon seit 1782 der in seiner Zeit hochberühmte Dichter und Homer-Übersetzer Johann Heinrich Voß als Rektor tätig war. Er war auf Anraten seines gleichfalls berühmten Studienfreundes Friedrich Leopold Reichsgraf zu Stolberg, der hier Hofbeamter war, nach Eutin gekommen. Zu den berühmten Persönlichkeiten, die dem Städtchen den Beinamen "Weimar des Nordens" verschafften, hier zeitweise wohnten oder als Besucher kamen, gehörten die Dichter Friedrich Gottlieb Klopstock, Matthias Claudius, H. W. Gerstenberg und Jens Baggesen, der Philosoph Friedrich Heinrich Jacobi, Joh. K. Lavater, Wilhelm von Humboldt, Carsten und Barthold Georg Niebuhr und viele andere mehr.

Im Jahre 1786 wurde der später so berühmte Komponist Carl Maria von Weber in Eutin geboren, der seine Geburtsstadt noch zweimal besucht hat, und dem zu Ehren heute die weithin bekannten alljährlichen Eutiner Festspiele im Schlossgarten stattfinden. Nicht unerwähnt bleiben darf, dass der berühmte Maler Johann Heinrich Wilhelm Tischbein, der Freund Goethes in Italien, als Hofmaler seine letzten zwanzig Lebensjahre in Eutin verbrachte. Wirtschaftlichen Aufschwung erlebte die Stadt Eutin in der zweiten Hälfte des vorigen Jahrhunderts, sowohl durch den Anschluss an das Eisenbahnnetz als auch durch das Aufkommen des Fremdenverkehrs. Seine Förderung lassen sich Verwaltung und Selbstverwaltung der Stadt seitdem sehr angelegen sein, was auch in der Anerkennung als Luftkurort zum Ausdruck kommt.

Rückschläge in der Entwicklung gab es durch zwei Weltkriege, Inflationen und Wirtschaftskrisen. Nach 1945 verdoppelte sich die Stadtbevölkerung durch Zuzug von Heimatvertriebenen. Sie aber trugen durch ihren Leistungswillen wesentlich dazu bei, dass Eutin nicht nur ein in der ostholsteinischen Region bedeutendes Geschäftszentrum, sondern zugleich ein wichtiges Verwaltungs-, Bildungs- und Kulturzentrum geworden ist.

Zwar hat die Stadt im Zuge der Zentralisation von Behörden in den letzten Jahren manchen Verwaltungssitz verloren. Eutin ist aber weiterhin Kreisstadt des 1970 durch die Gebietsreform entstandenen Kreises Ostholstein, der mit fast 200.000 Einwohnerinnen und Einwohnern von Fehmarn bis vor die Tore Lübecks reicht.